Le agenzie di investigazioni presenti nel manga e nell'anime sono: l'agenzia per le informazioni estere americane (CIA), l'agenzia per le informazioni interne degli Stati Uniti (FBI) e la polizia segreta giapponese.
FBI[]
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Federal Bureau of Investigation abbreviato in FBI. L'FBI è l'agenzia di polizia e di intelligence per l'interno degli Stati Uniti d'America.
In "Detective Conan" l'FBI si occupa delle indagini relative all'Organizzazione nera. L'FBI si occupa delle indagini da più di vent'anni, si viene a conoscenza di questo quando Jodie racconta che Vermouth vent'anni prima aveva ucciso il padre, agente del bureau. Attualmente nella serie i principali agenti dell'FBI, sono:
CIA[]
Central Intelligence Agency o semplicemente CIA, è l'agenzia di spionaggio per l'estero degli Stati Uniti d'America. In Detective Conan viene anche chiamata con l'appellativo di Company.
Non si sa molto su quest'agenzia, gli unici agenti che compaiono sono Hidemi Hondo (infiltrata nell'Organizzazione nera col nome di Kir) e suo padre Ethan Hondo.
Polizia Segreta Giapponese[]
Gli agenti fino ad ora conosciuti sono Rei Furuya e Scotch entrambi infiltrati nell'Organizzazione nera.