Hiroshi Agasa conosce e si innamora di Fusae Campbell. Verso la fine di novembre, Agasa ha scoperto che Fusae si era improvvisamente allontanata e gli aveva lasciato una lettera in cui diceva che lo avrebbe incontrato in un luogo segreto tra 10 anni dal 24 novembre.
Atsushi Miyano si trasferisce dalla casa di suo padre per andare da qualche parte per le sue ricerche. L'amico d'infanzia di Atsushi, Souhei Degima, vi si stabilisce.
Nasce Muga Iori
Nasce Manami Yagisawa
Costruzione del liceo Teitan
Shizuka Hattori arriva in finale di un torneo di kendo
Shuichi Akai lascia la sua famiglia con l'obiettivo di ottenere la cittadinanza statunitense e unirsi all'FBI per indagare su cosa è successo a Tsutomu Akai
15 anni prima[]
Kiyonaga Matsumoto si procura la cicatrice sul volto che gli taglia l'occhio sinistro, inferta con una katana dal serial killer Doji Hiramune.
13 anni prima[]
Omicidio ad Osaka ad opera di Kazuya e della sua banda.
Shukichi Haneda finisce la scuola e cambia il suo cognome da Akai ad Haneda.
10 anni prima[]
Morte di Keiji Aso
Shinichi e Ran iniziano la scuola elementare e inizia l'avventura da bambino di Shinichi. In questo momento, Yusaku Kudo sa già che Toichi Kuroba è Ladro Kid.
Kenji Hagiwara viene ucciso in un attentato a un appartamento il 7 novembre quando uno dei due attentatori si vendica per il suo partner che la polizia ha ucciso accidentalmente mentre stava scappando. Hagiwara era l'amico di Jinpei Matsuda che ha dissineascato con successo l'altra bomba. L'altro attentatore ha in programma di vendicarsi 4 anni dopo.
6 anni prima[]
Morte del padre e della sorella di Minerva Glass, tennista famosa, a seguito di un incidente stradale.
Shinichi Kudo entra nella scuola media e si unisce alla squadra di calcio. Cattura lo sguardo di Asami Uchida. Tenta di confessarglielo, ma lui la rifiuta perché gli piace già Ran Mori.
Il virus informatico Barone della notte rovina il gioco di Kaneshiro Genichirou.
3 anni prima[]
Jinpei Matsuda si unisce alla Divisione Uno della Polizia Metropolitana sotto la tutela di Miwako Sato. Il 7 novembre, Jinpei Matsuda viene ucciso da una bomba al 72esimo piano di una ruota panoramica nel centro commerciale Haido, fatta esplodere dallo stesso uomo che ha ucciso il partner di Matsuda, Kenji Hagiwara quattro anni fa. Matsuda si sacrificò per trasmettere un indizio importante a Sato ovvero dove era stata collocata la bomba più grande.
Masumi Sera e Mary Sera lasciano il Giappone per l'Inghilterra perchè scoprono che Tsutomu Akai sta vagando per Londra.
Shinichi Kudo e Heiji Hattori si incontrano e separatamente risolvono un caso in una stazione sciistica.
Tequila si presenta all'ufficio del progettista di computer grafica/ingegnere di sistema di giochi Suguru Itakura per dire che era interessato al particolare "programma di sistema" che Itakura ha smesso di sviluppare un anno fa.
1 anno prima[]
Shinichi Kudo risolve il suo primo caso su un aereo per Los Angeles. Quando lui e Ran arrivano, prendono un secondo aereo per New York.
A New York, Vermouth cerca di attirare e uccidere Shuichi Akai mentre è travestita da serial killer. Il suo piano fallisce quando Shuichi le spara allo stomaco. Ran incontra Shuichi mentre stava cercando il serial killer. Vermouth più tardi incontra Shinichi e poi corre su una scala antincendio. Mentre si prepara a sparare loro, Vermouth scivola via e viene salvata dalla morte dai due adolescenti.
Wataru Date viene investito da un guidatore assonnato e muore mentre lavora con Wataru Takagi su un caso. La ragazza di Date si suicida subito dopo. Un caro amico della ragazza di Date, pensando erroneamente di essersi uccisa perché un agente di polizia di nome Wataru l'aveva scaricata, trama vendetta contro il Wataru sbagliato: Takagi.
Suguru Itakura abbandona il progetto che gli era stato affidato dall'Organizzazione nera.
Shinichi Kudo risolve il suo primo caso di omicidio.
Kansuke Yamato ha inseguito un saltatore in libertà vigilata che credeva fosse coinvolto nella misteriosa morte dell'eroe della città Kuroto Kai in una montagna, dove è rimasto coinvolto nella valanga che gli ha colpito l'occhio e la gamba sinistra. Era scomparso e si credeva morto fino a quando il compagno di scuola Taka'aki Morofushi (Komei), anche lui ispettore di polizia, non è andato contro gli ordini di rintracciare il criminale e trovare Yamato.
Sharon Vineyard muore e Chris Vineyard esce in pubblico (senza contare i film e le interviste private rilasciate ai giornalisti) per la prima volta al suo funerale.
Ladro Kid ritorna dopo 8 anni. Lui e Shinichi hanno un confronto a Tokyo.
Shinichi Kudo e Ran Mori vanno all'Acquario e Shinichi risolve il caso dell'acquario.
Storia attuale[]
Saga di Conan [(Manga: 1-175, Anime 1-128 (Jap), 1-135 (Ita)][]
Shinichi va a Tropical Land con Ran per celebrare la sua recente vittoria nel karate. Incontra due membri di un'organizzazione segreta chiamati Gin e Vodka che gli danno un misterioso veleno che fa rimpicciolire Shinichi finché il suo corpo non sembra essere quello di un bambino di 6-7 anni
Conan Edogawa per non sembrare sospetto si iscrive alla scuola elementare Teitan.
Akemi Miyano viene assassinata da Gin dopo che è riuscita a rapinare una banca per 1 miliardo di yen per liberare sé stessa e sua sorella dall'Organizzazione nera. La sua morte induce sua sorella a boicottare il programma di sviluppo APTX 4869 e poi l'eventuale tradimento. La morte di Akemi spinge anche l'agente dell'FBI ed ex fidanzato Shuichi Akai a cercare vendetta contro l'Organizzazione per averla uccisa.
Ran sospetta che Conan possa essere Shinichi, costringendolo ad adattare il suo comportamento per essere più infantile e alla fine ha bisogno di Hiroshi Agasa per impersonare Shinichi al telefono per dare a Conan un alibi.
Conan incontra Gin e Vodka su un treno e sventa il loro piano per eliminare un partner di transazione facendo saltare in aria il treno.
Shinichi viene sfidato a una battaglia di deduzione da un detective del liceo di Osaka, Heiji Hattori. Conan beve un po' del baijiu portato da Heiji e torna alla normalità. Risolve il caso, battendolo, riuscendo anche a mantenere nascosta la sua identità segreta.
Conan incontra Tequila a una convention di giochi. Tequila muore in un'esplosione destinata a qualcun altro, e il punto d'incontro rivelato dal suo contatto, il bar "Le Cocktail" nel "Hotel Daikoku", viene distrutto da una bomba prima che Conan possa arrivare. Conan scopre che l'Organizzazione è interessata ai migliori programmatori del mondo.
A un incontro per fan di Holmes, Conan è costretto a risolvere un omicidio usando Heiji come "detective addormentato". Heiji si sveglia a metà e scopre che Conan è Shinichi. Conan gli racconta l'intera storia per impedirgli di dire a Ran la verità sull'identità di Conan.
Ran è convinta ancora una volta che Conan sia Shinichi, ma la madre di Shinichi la convince del contrario.
L'ex membro dell'Organizzazione nera "Sherry", vero nome Shiho Miyano, decide di prendere l'APTX4869 per suicidarsi a causa della morte di sua sorella. Invece, si rimpicciolisce in una bambina di sette o otto anni. Fugge dall'Organizzazione nera e corre a casa di Shinichi dove viene trovata e adottata dal professor Agasa. Prende l'alias Ai Haibara e si iscrive alle elementari della scuola Teitan nella classe di Conan. L'Organizzazione nera inizia a cercarla.
Si scopre che Wataru Takagi è interessato a Miwako Sato. Tuttavia, pensa non piaccia all'ispettore Megure e non ha abbastanza coraggio per chiederle di uscire.
Il padre di Tomoaki Araide muore folgorato dopo che la sua seconda moglie lo ha ucciso. Hikaru Yasumoto era infatti chi lo ha fatto morire incosapevolmente a causa del piano dell'assassino, ma non glielo dice poiché Conan ha deciso di farle pensare che fosse innocente poiché sarebbe davvero triste sapere di aver ucciso il suo datore di lavoro.
Saga di Vermouth [(Manga: 238-434, Anime: 176-345 (Jap), 189-375 (Ita)][]
Conan e Ai affrontano Gin, Vodka e altri membri politici come Kenzo Masuyama e l'attrice americana Chris Vineyard, tentando di fermare un assassinio all'Hotel di Haido City. Ai ottiene alcuni dati sull'APTX4869. Dopo aver quasi ucciso Sherry temporaneamente ricresciuta, Gin crede che lei non si nasconderà più a Beika. Vermouth decide di restare in Giappone.
Conan viene colpito durante un viaggio in campeggio con i Giovani Detective e Ran rivela una rinnovata certezza nell'identità di Conan. Preso un antidoto temporaneo per fare non destare sospetti a Ran, invece che risolvere l'omicidio, Shinichi mostra il suo volto a tutta la scuola, Vermouth compresa.
Shinichi chiede a Ran di uscire per cena, con l'intenzione di confessare i suoi sentimenti per lei, ma viene interrotto da un altro caso di omicidio e poi diventa Conan.
Conan e i Giovani Detective vengono coinvolti in un dirottamento di un autobus con Jodie, Shuichi Akai e Tomoaki Araide. Ai si rassegna a morire piuttosto che essere un pericolo, ma Conan la protegge e le dice di non scappare. Lo stesso giorno, tutti i file sui casi di Goro con sede a Tokyo vengono rubati dal dipartimento di polizia metropolitana.
Il raduno del detective di Sunset Mansion si trasforma in omicidio, con Ladro Kid e Saguru Hakuba che fanno apparizioni come ospiti.
I Giovani Detective impediscono il rapimento di James Black, appena arrivato in Giappone per assistere Shuichi.
Ran intravede Shuichi, ma non ricorda dove lo abbia visto.
I file rubati sui casi di Goro vengono restituiti; Shuichi mantiene la sorveglianza sull'agenzia investigativa.
Heiji e Conan indagano su Jodie, ma non trovano nulla sulla sua identità.
Ran ha la febbre e ricorda gli eventi a New York, inclusa l'identità di Shuichi.
Conan ottiene un indizio sull'Organizzazione tramite l'assassinio di Suguru Itakura e quasi inganna Vodka facendogli fornire informazioni tangibili, per poi essere quasi scoperto e catturato da Gin.
Shuichi riconosce Shiho sul viso di Ai e inizia a farla sorvegliare o sorvegliarla lui stesso.
Vermouth ascolta Conan e Agasa tramite un insetto in casa di Agasa.
Conan e Ai recuperano le cassette registrate dalla madre di Ai, Elena Miyano, prima della sua morte, e nascoste da Akemi la settimana prima di morire.
Vermouth invita Shinichi alla crociera di Halloween, facendo intendere che sa che Shinichi è Conan. Heiji prende il posto di Shinichi all'evento per confondere il resto dell'Organizzazione sullo status di Shinichi, il che consente a Conan di impersonare Ai e adesca Vermouth usando l'aiuto di Jodie. Ai interferisce con la situazione di stallo per sacrificare la sua vita per proteggere tutti quelli a cui è collegata, ma Shuichi e Ran salvano lei e Jodie, anche se Vermouth scappa con Conan. Conan sente i toni della tastiera del numero di telefono del Boss e Vermouth gli promette che rinuncerà ad uccidere Shiho, ma scappa piuttosto che ucciderlo.
Saga del numero del Boss [(Manga: 435-498, Anime: 346-424 (Jap), 375-458 (Ita)][]
L'FBI offre il programma di protezione testimoni ad Ai Haibara che tuttavia rifiuta.
Conan e Heiji catturano un bombardiere al koshien di baseball tra il liceo Kohnan e il liceo Ohgane.
Conan scopre l'indirizzo e-mail del capo dell'Organizzazione nera, che proviene dalla canzone Nanatsu no Ko. Ai gli dice di non indagare ulteriormente, poiché l'indirizzo del capo è come il "vaso di Pandora".
Il vero Tomoaki Araide ritorna come dottore al liceo Teitan.
Un messaggio indirizzato a Shinichi ricevuto dal telefono di Conan rende Ran molto sospettoso dell'identità di Conan. Conan prepara un trucco per dare a Shinichi un alibi in diretta e decide di dare a Ran il numero del cellulare che usa come Shinichi.
Saga di Kir [(Manga: 499-621, Anime: 425-508 (Jap), 458-555 (Ita)][]
Dopo aver risolto un caso per la collega di Yoko Okino, Rena Mizunashi, Conan scopre accidentalmente che Rena è in realtà l'agente dell'Organizzazione nera Kir. Con l'aiuto dell'FBI, Conan sventa un tentativo di omicidio e catturano accidentalmente Kir, priva di sensi, piuttosto che Vermouth, che stavano cercando.
Eisuke Hondo si trasferisce al liceo Teitan. Dichiara un vivo interesse per Goro, ma osserva Conan con sospetto durante diversi casi.
Eisuke Hondo ricorda fortemente a Conan Rena Mizunashi, ed Eisuke tenta di affascinare e manipolare informazioni su di lei da Goro.
L'Organizzazione Nera e successivamente Eisuke vengono a sapere ciò che è successo a Kir da Toji Funemoto.
Conan incontra Saguru Hakuba per la seconda volta in una competizione per detective.
Conan scopre che il padre di Eisuke, Ethan Hondo, lavorava per la "Company". La "Company" è la CIA. Kir è un NOC (agente sotto copertura).
Gin chiede a Kir di uccidere Shuichi per riconquistare la fiducia dell'Organizzazione. Kir spara a Shuichi, spinge il corpo nel suo camion e poi lo fa esplodere. L'impronta digitale sul cellulare di Conan corrisponde al corpo che è stato recuperato sulla scena.
Eisuke dice a Conan che andrà in America per unirsi alla CIA e Conan gli confessa di essere in realtà Shinichi, cosa che Eisuke afferma di aver scoperto da molto tempo.
Saga di Bourbon e Akai [(Manga: 622-898, Anime: 509-783 (Jap), 555-835 (Ita)][]
Saga della prima missione di Bourbon (Sherry) [(Manga: 622-824, Anime: 509-704 (Jap), 555-756 (Ita)][]
Prima menzione di Bourbon. Introduzione di Subaru Okiya dalla quale Ai sente l'aura dell'Organizzazione nera. Okiya va a vivere nella casa di Shinichi.
Jodie cerca di trovare Scar Akai, che si avvicina a Camel più tardi. Okiya nota Scar Akai. L'Organizzazione nera si prepara ad assassinare Scar Akai, che pensano sia il vero Shuichi, ma si ritira dopo che Vermouth informa Gin di un piano che aveva ottenuto l'approvazione del Boss.
Goro, Ran, Agasa e Conan sono in viaggio a Londra. Per superare i controlli di sicurezza dell'aeroporto, Ai fornisce a Conan due antidoti all'APTX4869 per il viaggio e il ritorno a casa. Durante il viaggio, stanno cercando di fermare il terrorista, Hades Sabara, che sta progettando di uccidere la madre di Minerva Glass per vendetta della morte di sua madre. Per aiutare Minerva, Conan si autoproclama "apprendista di Holmes".
Conan incontra Masumi Sera che si è trasferita al liceo Teitan.
Masumi mostra interesse per Subaru. Informa anche i Giovani Detective dell'apparizione di Ai Haibara in un video di Agasa che ha trovato su Internet.
Masumi Sera incontra Heiji e Camel per la prima volta.
Introduzione di Tooru Amuro; Amuro accetta un lavoro part-time al Cafe Poirot e diventa apprendista di Goro.
Conan viene rapito da un sospetto, Amuro aiuta i Ran e Goro a salvarlo, mentre Masumi li segue da dietro. Ai e Agasa cercano di localizzare Conan all'interno dell'auto di Okiya. Durante l'inseguimento, Okiya e Amuro si notano. Amuro riconosce Masumi. Vermouth arriva sulla scena e chiama Bourbon.
Ai prende l'antidoto dell'APTX4869 per salvare i Giovani Detective da un incendio. Mitsuhiko fa un video a Shiho Miyano e lo invia all'ufficio di Goro. Amuro accede al computer di Goro e vede il video di Shiho che indossa l'anello per salire a bordo del "Treno dei Misteri". Il computer viene quindi hackerato da Okiya.
Vermouth informa Gin che Sherry sarà a bordo del Treno dei Misteri. Gin ha in programma di far saltare in aria l'intero treno alla stazione con grandi quantità di C4. Nel frattempo, Vermouth si traveste da Scar Akai e Amuro, che è Bourbon, sarà a bordo del treno e tenterà di catturare Shiho viva. Infine, Ladro Kid si traveste da passeggero a bordo del treno per indagare su un imminente colpo. Okiya, Yukiko e Conan temono che Shiho possa essere preso di mira dall'Organizzazione nera a causa del video, e escogitano un controprogramma per ingannare Vermouth e Bourbon e prendere di mira Ladro Kid per errore.
Mentre erano sul treno, viene rivelato che Elena Miyano stava cercando di lavorare su un farmaco che ha chiamato "Silver Bullet". Masumi incontra Scar Akai e lo interroga, ma viene stordita. Subaru induce Ai a nascondersi in una stanza vuota e Conan costringe Ladro Kid a travestirsi da Shiho. Amuro affronta il ragazzo travestito e si rivela essere Bourbon. Amuro si era travestito da Scar Akai per testare la reazione delle persone vicine ad Akai per confermare la sua morte. Yukiko cerca di fermare Vermouth e le dice che ha qualche motivo per non volere che il rimpicciolimento di Conan e Ai sia noto. Vermouth quindi esegue il suo vero piano che è quello di uccidere Shiho piuttosto che catturarla viva come voleva Bourbon, e fa saltare in aria il vagone del treno con Kid dentro. Kid riesce a scappare e il treno si ferma prima di raggiungere l'ultima stazione dove Gin stava aspettando. Vermouth riferisce che Shiho è morta, ma scopre di essere stata ingannata quando vede Agasa che trasportava Ai. Amuro si chiede se una figura misteriosa che ha visto fosse Shuichi e decide di indagare nuovamente sulla morte di Shuichi.
Saga della seconda missione di Bourbon (Shuichi Akai) [(Manga: 825-898, Anime: 705-783 (Jap), 756-835 (Ita)][]
Amuro si prende una pausa dal Poirot fingendo di essere malato, ma poi torna al lavoro più tardi. Vermouth chiede ad Amuro perché non lascia l'agenzia investigativa, e lui risponde che il Goro il dormiente ha catturato il suo interesse. Amuro sembra essersi reso conto che Conan sta dietro a "Goro il dormiente".
Ladro Kid torna per rubare la Sirenetta arrossita, una gemma attaccata al guscio di una tartaruga marina. Masumi si unisce a Conan, Ran e Sonoko. Ladro Kid si traveste da Masumi, ma non prende la gemma perché è un falso.
Introduzione di Shukichi Haneda che risolve un caso con Conan.
Conan incontra Jodie per informarla che Scar Akai era in realtà Amuro/Bourbon, travestito. Chiede che l'FBI indaghi sul motivo per cui Amuro non ha ancora lasciato il Poirot, dal momento che l'Organizzazione nera è stata apparentemente convinta che Sherry sia stata uccisa. Amuro travestito infastidisce Jodie e ascolta le descrizioni di Jodie sulle azioni di Shuichi Akai una notte all'ospedale centrale di Haido, e l'ansia di Conan per Jodie si riferisce anche a quei momenti. Vermouth camuffata recupera l'insetto da Jodie. Conan si fa prendere dal panico quando scopre che Bourbon e Vermouth erano presenti.
Sonoko presenta Makoto a Masumi in una pista da bowling. Masumi rivela a Conan che ha un secondo fratello, abbastanza simile a suo padre. Poi scopre che conosce Conan.
Tomoko Suzuki fa un patto con Makoto: se riesce a proteggere l'Imperatore Verde da Ladro Kid, gli permetterà di stare con sua figlia. Ci riesce.
Takagi rivela accidentalmente su una scena del crimine di fronte ai Giovani Detective di essere stato nel letto di Sato, il che implica che la loro relazione è progredita in modo significativo.
Conan scopre che Masumi sta proteggendo una bambina misteriosa, a cui si riferisce come una "sorellina fuori dal territorio".
Usando Natsuko Shibuya, un'insegnante amica di Jodie, Amuro ottiene informazioni sulla causa della morte di Rikumichi Kasuda da un ignaro Camel.
Amuro crede che Shuichi abbia simulato la sua morte usando il corpo di Rikumichi Kasuda e affronta Okiya, che crede non sia altro che Shuichi.
Shuichi si rivela vivo e rivela il vero nome di Amuro - Rei Furuya - facendo sì che Amuro interrompa l'inseguimento degli agenti dell'FBI. Amuro è in realtà un ufficiale dell'Ufficio di sicurezza dell'Agenzia nazionale di polizia che si è infiltrato nell'Organizzazione nera.
La mattina seguente, Shuichi spiega il piano di Conan per fingere la sua morte e vivere sotto mentite spoglie a Jodie e Camel. Mentre dice a Vermouth che interromperà la sua indagine sulla "morte" di Shuichi, Rei rivela di conoscere un segreto che è abbastanza importante perché altri membri dell'Organizzazione rimarrebbero scandalizzati. Prima menzione di Scotch, una spia deceduta che si è infiltrata nell'Organizzazione. Prima menzione di Rum, un membro di alto rango dell'Organizzazione nera, secondo Shuichi.
Saga di Rum [(Manga: 899-???, Anime: 784-??? (Jap), 835-??? (Ita)][]
Shukichi raggiunge il suo obiettivo di ottenere tutti e sette i titoli di Shogi. La sua vittoria per il titolo finale sembra interessare Subaru e la bambina sconosciuta, che vive con Masumi.
Introduzione di Hyoe Kuroda, un capo della polizia di Nagano che sa che Conan è il cervello dietro "Goro il dormiente".
Kuroda viene riposizionato nella polizia di Tokyo e prende il posto di Kiyonaga Matsumoto, che è stato promosso.
Yumi rivela che anche se chiede a Shukichi di uscire, lui rifiuta perché è occupato. Conan sembra pensare che sia perché è sommerso di interviste per aver appena guadagnato l'ultimo dei sette titoli di Shogi. Yumi descrive Shukichi al gruppo e le descrizioni sono le stesse di Masumi del suo secondo fratello. Conan in seguito ottiene un fazzoletto con il nome "Mary" ricamato su di esso, portando alla sua ipotesi che "Mary" potrebbe essere il nome della bambina sconosciuta.
Masumi afferma che le è stata insegnata la chitarra da un amico di suo fratello alla stazione dei treni, che risulta essere Scotch. Un flashback rivela che Amuro ha incontrato Masumi in quel momento. Masumi ha sentito Amuro pronunciare il nome "Scotch".
A causa di un po' di trucco non lavato sul viso di Ai, Conan inizia a pensare che potrebbe essere imparentata con la bambina sconosciuta. A causa di questa conclusione, si interroga sulla relazione tra Akemi e Shuichi.
Yumi scopre che Shukichi è un campione di Shogi e il contenuto speciale della busta si rivela essere un certificato di matrimonio. Gli parla al telefono e scopre che ha perso la partita avvenuta lo stesso giorno, così come il suo titolo. Viene anche a sapere che ha un fratello defunto non di sangue di nome Kohji Haneda, che Ai rivela essere nella lista APTX.
Conan cerca Kohji online e viene a sapere della sua misteriosa morte insieme a quella di Amanda Hughes in un torneo di scacchi in America, 17 anni fa. Kohji ha lasciato un codice di messaggio che ha portato a "ASACA RUM", che implica Asaka che era la guardia del corpo di Amanda oltre a Rum. Shuichi rivela a Conan che il caso Kohji è stato il motivo per cui si è unito all'FBI.
Conan crede che Asaka sia Rum. A causa di un caso viene rivelato che Masumi e la bambina sconosciuta conoscono il caso di Kohji. Quando Conan lascia cadere il papillon che cambia la voce, la bambina sconosciuta continua la deduzione di Goro il dormiente al suo posto e quando il criminale corre, lei è in grado di fermarlo. Masumi urla accidentalmente "mamma", dopo che il criminale ha perso conoscenza. Conan considera la possibilità che la bambina sconosciuta possa essere Asaka, a causa della sua forza e della possibilità di essere rimpicciolita.
Conan, Shuichi, Amuro e Vermouth (travestito da Azusa) vanno in una sala da concerto dove verrà eseguita una canzone chiamata "ASACA". Il titolo della canzone si rivela una coincidenza. Si verificano flashback sulla morte di Scotch, che rivelano che la sua morte è stata un incidente. Ran riconosce la voce di Vermouth quando la chiama "Angelo" per la seconda volta.
Introduzione di Momiji Ooka, che sembra essere innamorata di Heiji e tiene traccia dei suoi casi sul suo telefono.
Introduzione di Rumi Wakasa, che è il nuovo goffo vice insegnante nella classe di Conan. Lo conduce segretamente alla soluzione del caso. Quando è fuori vista mostra la capacità di abbattere tre ladri usando un manico di scopa.
A causa di un caso, Conan si rende conto che i commenti di Masumi su varie cose dalla sua prima apparizione indicano che potrebbe essere stata effettivamente in Gran Bretagna piuttosto che in America. Alla fine si ricorda anche di quando l'aveva incontrata in passato. A conclusione del suo flashback, Conan inizia a mettere insieme le sue informazioni sulla famiglia Akai. Si rende conto che Masumi sa che lui è Shinichi Kudo, che Shukichi è il secondo fratello e che la bambina che vive con Masumi è molto probabilmente la loro madre, il cui nome è, in effetti, Mary, e che è in qualche modo rimpicciolita, come lui e Ai.
Presentazione di Muga Iori, il maggiordomo di Momiji. Adotta il nome falso Shinichi Wada quando visita il Café Poirot, per osservare Heiji - che sta visitando Conan e Ran con Kazuha - per conto di Momiji. Si scopre che Momiji possiede un formidabile intelletto quando fornisce il suggerimento che porta Conan, Heiji e Amuro a risolvere un caso di tentato omicidio al Poirot.
Presentazione di Kanenori Wakita, uno chef di sushi che attualmente lavora come cameriere al tavolo, a causa di un infortunio agli occhi, al Beika Irohazushi accanto all'agenzia investigativa Mori. Chiede di diventare l'apprendista di Goro in cambio di sushi scontato e Goro accetta.
A causa di un incidente a scuola, Rumi porta i Giovani Detective nel suo condominio, dove si verifica un caso. Conan trova una ricevuta che mostra che Rumi era pronta per il loro arrivo. Durante la soluzione del caso Rumi inciampa e rende inabile l'assassino. Mentre Ai commenta la sua fortuna, Conan sembra essersi reso conto che la fortuna non ha nulla a che fare con quello che è successo con Rumi. L'incidente è riportato nelle notizie e Kuroda, insieme a Wakita, si mostrano interessati.
Quando la madre di Ran viene rapita, le azioni di Conan portano Ran a sospettare di nuovo su di lui.
Kuroda sembra indagare sul caso di 17 anni fa e fa un collegamento tra esso e Rumi. Segue lei e i Giovani Detective mentre sono in campeggio. Scoppia un caso, durante il quale Rumi sembra reagire alla frase "occhio artificiale", Conan e Ai si rendono conto che Rumi non vede dal suo occhio destro, e Conan nota uno strano oggetto nella tasca posteriore di Rumi.
Si verifica un caso durante un torneo di Kendo in cui l'unico testimone era un cieco. Heiji si sta allenando per affrontare il suo rivale Soshi Okita in finale, ma Okita sembra preoccupato per un altro avversario. Momiji e Iori sono in tribuna in attesa di vedere la partita di Heiji.
Il liceo Teitan organizza una gita a Kyoto, Ran, Sonoko e Masumi ne sono entusiasti. Nel frattempo, Conan viene a sapere del viaggio e decide di prendere l'antidoto APTX 4869 per tornare Shinichi e parteciparvi.
Grazie ad Ai, Conan riesce a partecipare alla gita a Kyoto nei panni di Shinichi insieme a Ran e ai suoi compagni di classe. Lì si verifica un doppio caso di omicidio e, grazie ad Ai e Heiji, Conan riesce a trasformarsi in Shinichi 3 volte e risolve il caso insieme a Heiji e Masumi. Ran bacia Shinichi sulla guancia come risposta alla sua precedente confessione, e proprio mentre i due stavano per dare un bacio completo, Shinichi si trasforma di nuovo in Conan. Masumi informa Mary dell'esistenza dell'antidoto e Mary ordina a sua figlia di metterci le mani sopra il prima possibile. Nel frattempo, il pubblico inizia a discutere del caso risolto da 3 detective delle scuole superiori, uno dei quali menziona di aver visto Shinichi sulla scena del crimine, la notizia si è diffusa rapidamente su Internet. I 3 sospetti Rum; Kuroda, Wakita e Rumi si interessano al coinvolgimento di Shinichi nel caso.
I paparazzi bombardano la casa di Shinichi mentre Conan si nasconde a casa di Agasa. Yukiko e Yusaku sono tornati in Giappone e hanno convinto la proprietaria del blog a ritirare la sua richiesta, in cambio dei loro autografi. Afferma che era solo una voce e i paparazzi se ne vanno. Bourbon riceve un messaggio da Rum che chiede informazioni su Shinichi, dicendo "Il tempo è denaro!" Yusaku deduce anche che l'interpretazione originale "ASACA RUM" del messaggio dal caso Kohji Haneda potrebbe anche essere interpretata come "CARASUMA", rendendo Renya Karasuma il possibile capo dell'Organizzazione, l'uomo più potente di tutto il Giappone, anche se Karasuma dovrebbe essere morto da tempo. Decidono di restare in Giappone.
Amuro si infiltra nella casa dei Kudo per trovare informazioni su Shinichi e viene affrontato da Shuichi. I due si puntano l'un l'altro e hanno una breve conversazione piena di tensione. Tuttavia, vengono improvvisamente interrotti dall'apparizione di Yusaku e Yukiko, che invitano Amuro a sedersi e prendere un tè.
Kuroda chiede ad Amuro di fornire maggiori informazioni a Conan sui tre sospetti coinvolti nell'omicidio di poliziotte. Shukichi invia un'e-mail a suo fratello Shuichi; chiedendogli di proteggere Yumi.
Komei si rende conto che suo fratello, Hiromitsu Morofushi, lavorava per l'Ufficio di Pubblica Sicurezza ed è morto mentre era sotto copertura, con un foro di proiettile al suo telefono.
Masumi affronta Conan chiamandolo Shinchi. Viene anche a sapere che Ai, ha una personalità matura simile a Conan. Flashback rivelano che Mary ha tentato di contattare suo padre a Londra, ed è tornata più tardi nel corpo di un bambino di scuola media.
Komei ha visto Amuro dal filmato e si rende conto che è l'amico di Hiromitsu, soprannome "Zero", che hanno incontrato prima. Sospetta che il telefono di Hiromitsu possa essere inviato da Amuro. Tuttavia, cita solo un proverbio cinese e che "il tempo è denaro, come si suol dire". dopo un caso.
